[Ovul]

Первое, и оно же главное. Никто и никогда не может обязать Вас проходить какую либо экспертизу за Ваш счет.
Если Вас обвиняют в подделке ПТС - то только в рамках возбужденного уголовного дела. То же самое касается перебитых номеров. В таком, и только в таком случае у Вас могут изъять автомобиль в качестве вещественного доказательства. В таком случае все экспертизы, проводимые как в отношении самого автомобиля, так и ПТС, являются криминалистическими и проводятся строго в рамках возбужденного дела, силами экспертов органов.
Если я правильно понял из Вашего описания - изъяли только ПТС, то есть не изымали свидетельство, и пользоваться автомобилем вы продолжаете абсолютно нормально?
Второе. С какой жалобой Вы были в прокуратуре? С письменной? с требованием ответить Вам в течение 14 дней? Есть ли письменный ответ на руках? Обращаю внимание - ответить на письменный запрос могут абсолютно законно в течение 30 дней. Получен ли письменный ответ от прокурора?
По поводу проверок и направления на штраф стоянку. Ваш автомобиль может быть объявлен в розыск только по Вашему заявлению. Поместить его на штраф-стоянку можно в строго установленных законом случаях, а именно:
1. Отсутствие прав и документов на транспортное средство, предусмотренных ПДД отсутствие доверенности, если вы не являетесь собственником ТС (ст.12.3 часть 1 КоАП).

2. Неисправность тормозной системы, рулевого управления и сцепного устройства в составе авто поезда. (КоАП ст.12.5 часть 2).

3. Водитель не имеет права управлять этой категорией ТС, кроме учебной езды, а также, если водитель был лишен права управления. (КоАП статья 12.7 пункты 1 и 2), в том числе просрочены водительские права.

4. Водитель управляет авто в состоянии опьянения, (КоАП ст 12.8)

5. За невыполнение законного требования инспектора о прохождении медицинского освидетельствования на состояние опьянения, (КоАП ст.12.26)

6. За нарушение правил остановки или стоянки на проезжей части, повлекшее создание препятствия для движения других машин, равно как и за остановку или стоянку в тоннеле (КоАП ст.12.19 п.4).
Приведенный список причин задержания транспортного средства – исчерпывающий, поскольку все причины полностью приведены в ст 27.13 Кодекса об административных правонарушениях.

Ваша ситуация не подпадает ни под одно из указанных оснований. Забрать Ваш автомобиль, а, тем более, заставить Вас оплачивать штрафстоянку - не в границах требований простого следователя. Максимум, что он может - забрать машину как вещдок, и поместить на охраняемую стоянку, никак Вами не оплачиваемую. Но - строго в рамках возбужденного уголовного дела.
Что рекомендовал бы в данном случае.
Письменное (!) обращение к следователю с требованием вернуть ПТС собственнику.
Одновременно письменно, с указанным сроком ответа (14 дней) заявление в прокуратуру о незаконном задержании документов и незаконных действиях следователя. Если потребуется помощь - пишите в личку, постараюсь помочь.

далее,чисто в рамках обсуждения:
в свое время переехал из Перми в Москву, на своем автомобиле, в те времена - Ниссан Максима. В Москве нашелся покупатель, готов был забрать, но в МРЭО Московском обнаружили несоответствия (причем реальные) между ПТС и номером на двигателе (7 и 1 были перепутаны). Никто никаких документов у меня не изымал, меня направили на экспертизу (в районе Ленинградки, забыл уже улицу), в тот же день, когда пытались снять с учета. Экспертизу назначили через 5 дней, никаких документов, тем более, саму машину, даже не пытались изъять. Прошел экспертизу в указанный срок, подтвердили подлинность всех документов и самих номеров (там была таможенная ошибка) и за счет органов сделали новый ПТС.